依据国家法规，在专业的PCR实验（比如临床PCR检验实验室）室通常需要做到四区隔离（或至少是三区隔离）的要求。 
    一般常见的三区指的是： 
1、试剂配制区：PCR反应体系的配制区域。 
2、标本处理区：包括扩增模板的制备，也就是我们常常提取DNA的地方；3、PCR扩增和产物分析区：进行PCR扩增的区域，也是扩增产物进行凝胶电泳分析的区域。 

    如果将PCR扩增区域和产物分析区细分，那就是典型的四区隔离了。四区隔离，主要目的是防止气溶胶在各个PCR区域之间的流动，为了避免互相污染，可以针对不同区域设置正负压的方法： 
1.试剂配制区（Ⅰ区）：最洁净的区域，保持微正压使得外界空气无法进入隔离污染源。并且阴性模板应该在此区加入PCR管并盖盖，严禁在此区域打开、存放装有DNA模板的离心管；
2.DNA模板添加区（Ⅱ区）：保持微负压，保证内部空气不外泄，以免阳性模板的气溶胶对外界环境造成污染。
3.扩增及PCR产物分析区（Ⅲ区）：保持微负压，使得内部空气不外泄，以免扩增产物的气溶胶对外界环境造成污染。
    在进入PCR实验室，需要在操作时遵循Ⅰ区→Ⅱ区→Ⅲ区单一方向进行，不可逆向进行。 不然可能会产生气溶胶污染，出现假阳性结果!所以PCR实验室在投入使用之前，首先要经过国家授权的检测机构的检测，并且取得PCR实验室检测合格报告，然后彻底消毒以后，才能正常使用。