生物安全实验室消毒灭菌是一个不可缺少的环节，不管是日常使用以后，还是发生污染时，必须需要做相应的灭菌，针对灭菌的方法，可以参考《消毒技术规范》的要求，将灭菌分成以下四大类：

（1）低水平消毒法:只能杀灭细菌繁殖体和亲脂病毒的化学消毒剂和通风散气、冲洗等机械除菌法。如单链季铵盐类消毒剂(苯扎溴铵等)、双胍类消毒剂如氯己定、中草药消毒剂和汞、银、铜等金属离子消毒剂等。  
     （2）中水平消毒法：是可以杀灭和去除细菌芽孢以外的各种病原微生物的消毒方法，包括超声波、碘类消毒剂(碘伏、碘酊、氯己定碘等)、醇类和氯已定，醇类和季铵盐（双链季铵盐）类化合物的复配消毒剂、酚类等消毒剂等。
     （3）高水平消毒法：可以杀灭一切病原微生物的消毒方法。这类消毒剂应能杀灭一切细菌繁殖体（包括结核分枝杆菌）、病毒、真菌及其孢子和细菌芽孢（除了一些高抗力的细菌芽孢外）。物理消毒法有：紫外线；化学消毒法有：含氯、二氧化氯、过氧乙酸、过氧化氢、含溴消毒剂、臭氧、二溴海因等甲基乙内酰脲类化合物和一些复配的消毒剂等   
     （4）灭菌法：可杀灭外环境中除了一些高抗力的细菌芽孢以外的所有微生物的物理、化学方法。物理方法有：热力灭菌、电离辐射灭菌、微波灭菌、等离子体灭菌等；化学方法有：甲醛、戊二醛、环氧乙烷、过氧乙酸、过氧化氢和某些复方含氯等化学灭菌剂等 。
      以上生物实验室化学消毒灭菌方法均需要在规定的条件下，以合适的强度、剂量或浓度和有效的作用时间进行消毒灭菌。生物实验室消毒灭菌都是直接采用灭菌法，所以就不会使用像醇类、超声波等方法来灭菌，通常使用的方法包括了高温灭菌、化学试剂灭菌和辐射灭菌这几大类，高温灭菌比如采用高压灭菌锅，辐射灭菌比如采用紫外灯，化学试剂灭菌如采用次氯酸钠、过氧化氢等。